(1)教皇博尼法斯八世与法王腓力普四世的权力之争——皇权对教权的初步胜利
13 世纪下半叶，神圣罗马帝国正值弗里德里希二世统治时期，此时的德意志已陷于分裂，而法兰西王国则日渐强盛，法王开始代替德皇扮演罗马教皇的禁卫军角色。1285 年法王腓力普四世(1285-1314 在位）登上王位，成为法国第一个专制君主。他加强王权，任用一批市民出身，精通罗马法的法学家掌握司法权，免去了一向把持司法机关的神职人员的职务，试图摆脱教皇控制。由于对英战争的需要，腓力普四世向圣殿骑士团借款，又下令向教会神职人员征税，影响了教皇收入。
1294 年博尼法斯八世(1294-1303 在位）登上教皇宝座，他坚持教皇权力至高无上，反对法王向教会神职人员征税。1296 年发布通谕，宣称不得教皇许可，任何人无权向教产征税，违者革除教籍。腓力普四世针锋相对，下令禁止法国金银货币出境，使罗马教廷的财政受到沉重打击，也严重影响到意大利银行家们的利益。因此，他们要求教皇妥协，准许法王向神职人员征税。教会的政敌也趁机攻击博尼法斯八世传播异端，出卖神职，谋害前任教皇西莱斯廷五世等29 条罪状，要求腓力普四世召开宗教会议，讨论教皇继承人的问题。教皇被迫屈服，承认法王有权征收神职人员的税。1301 年腓力普四世以叛国罪逮捕了法国大主教，教皇立即下教谕遣责，命令法王予以释放，并通令法国主教们到罗马开会，讨论教会处境问题。腓力普四世下令禁上任何法国主教前往罗马。
1302 年腓力普四世召开法国历史上由贵族、僧侣和市民资产阶级参加的第一次三级会议，与会者一致支持国王。为此教皇发布《一圣通谕》，重申教皇拥有高于世俗君主的权力。对此，腓力普四世立即召开会议讨论教谕，并宣布审判教皇。1303 年法王派人潜往罗马，勾结教皇政敌，在教皇宫邸痛打了博尼法斯八世，教皇不久因此去世。腓力普四世对待教皇的暴力行动得到了法国人的普遍拥护，也未受到英、德、意群众的反对，这表明教皇权势已进入没落的时代，从此，法王控制了罗马教廷。
1305 年教廷在腓力普四世的压力下，选举法国人克雷门五世(1305 -1314 在位）为教皇。克雷门五世因意大利政局动荡，不敢去罗马就职，在腓力普四世授意下，1309 年将教廷迁至紧靠法国南部边境的阿维农，称作 阿维农教廷 。此后，阿维农教廷连续7 任教皇都是受法王控制的法国人。直至1377 年教皇格列高利十一世才将教廷迁回罗马。教皇迁驻阿维农的70 多年，被称为 教皇的巴比伦之囚 时期。克雷门五世即位后取消了博尼法斯八世颁布的一切禁令，他还修改了《一圣通谕》。1311 年发布《荣耀君主》，承认世俗王国是上帝直接设立的。特别值得一提的是，克雷门五世组织了一个编纂机构将历届主教公会议和历次宗教会议的决议、信条及历代教皇颁布的教令，编辑成一部教令法典，1317 年继任教皇约翰二十二世将之正式出版，至今一直为教会所采用。1312 年在腓力普四世策划下，教皇以种种罪名解散了圣殿骑士团，对巩固王权起了极大作用。但是，教皇虽为法王所控制，即仍然干予西欧其它国家的事务。1316 年法王在里昂召集全体枢机主教会议，选出约翰二十二世(1316-1334 在位）为教皇。当时，德国巴伐利亚诸侯路易和奥地利的腓特烈正在争夺帝位，教皇为削弱德国在意大利的势力，在法王菲力普五世(1316- 1322 在位）支持下，否认二位侯选人的帝位资格，宣称教皇在帝位空缺时有权治理帝国，遂引起教皇与路易之间的斗争。教皇的干预引起西欧国家的普遍不满，同时，为维护教廷庞大开支而加重苛捐杂税，也使人民反对教廷的斗争不断发生。与此相应，在理论上出现了种种全面否定克吕尼派建立的教皇权力至上论的观点，它们明确提出，世俗统治者有权管辖教会人员和教会事务，罗马教皇并不具有至高无上的地位，一切主教的权力都是平等的，一切权力的基础都是人民主权。教会的最高权威是以全教大会为代表的全体基督徒，最终权威是《圣经》。只有立法机构，而不是教皇，才有权解释《圣经》，人民是立法权。教会和国家统治者要由他们任命，对他们负责。上述思想在意大利诗人但丁(1265 -1321 ）的《论帝制》和法国马尔西留与约翰合著的《和平保卫者》一书中都得到了反映，对后世欧洲的政治理论影响甚远。这一切都使罗马教廷声威日下，陷入危机。
1370 年教皇格列高利十一世(1370-1378 在位）即位。当时的教皇国已在意大利人民的联合反抗下危在旦夕。1376 年教皇亲率雇佣军离开阿维农，进军罗马，1377 年罗马教廷正式迁回罗马梵蒂冈，从而结束了70 余年的 阿维农时期 。
1377 年教廷由阿维农迁回罗马后，由于枢机主教团中法国人占多数，因此并未摆脱法王控制。1378 年教皇格列高利十一世去世，法国人把持的枢机主教团希望迁回阿维农，但在罗马贵族和民众的压力下，选举了意大利人为教皇，称乌尔班六世(1378-1389 在位）。乌尔班六世决心清除法国势力的政策，招致法国枢机主教团的不满。4 个月后法国枢机主教团另选日内瓦的克雷门七世(1378-1394 在位）为教皇，宣布上次选举无效。克雷门七世及其枢机主教团又迁往阿维农，而乌尔班六世拒不退位，重在罗马组织教廷。从此在西部天主教史上开始了双皇对峙的大分裂局面。罗马教廷和阿维农教廷互相攻击，互相开除教籍，同时向西欧各国征收赋税。双方教廷努力争取各国的支持，西欧各国封建统治者也根据各自的政治需要和经济利益而拥护某一位教皇。当时的意大利北部和中部、德意志大部、波希米亚、丹麦、瑞典、英格兰、波兰等地支持罗马教廷，法王、西班牙、苏格兰、意大利的那不勒斯和西西里等地则支持阿维农教廷。这样，西欧国家也分裂成两个敌对阵营，一切文化部门和人士也分别制造舆论，攻击对方，支持各自拥护的教皇。实际上，当时各国的天主教会都已由各国的君主所控制，罗马教廷和阿维农教廷也都是依靠各国君主而与对方相抗衡。天主教会的大分裂及其混乱、腐化、搜刮民财等种种恶迹，大大降低了教会在欧洲人心目中的威信，教皇的权势和威望也一落千丈，逐渐被社会所厌恶和嘲笑。随之，各个国家开始撤回各自对教皇的支持，要求结束分裂局面。站在前列的是当时的教师们，尤其是巴黎大学的教师。在马尔西奥提出全体教会会议( 公会议）权力至上以后，巴黎教会法博士吉思豪森的康拉德撰文劝法王查理五世(1364-1380 在位）联合其他君主召开公会议。继而巴黎大学学者朗根斯坦的亨利希于1381 年也撰文进一步加以阐述。召开公会议解决分裂局面，得到许多人的支持。经过种种努力，1409 年在法国影响下召开了比萨宗教会议，宣布废黜两个教皇，另选亚历山大五世(1409-1410 在位）为皇。但因操之过急，原来教皇拒不退位，结果形成三皇鼎立的局面，致使天主教会更加分裂和混乱。1414 年神圣罗马帝国皇帝西吉斯孟为结束天主教的分裂局面，迫使亚历山大五世继承人比萨教皇约翰二十三世于11 月1 日召开康斯坦茨宗教会议，这是中世纪历次会议中人数最多的一次，有枢机主教和主教、神学博士和各国君主代表参加。会议宣布，会议的权力直接来自基督，凡会议决议，任何人均应一律服从。会上的各国君主达成协议，废黜三个教皇，另选马丁五世(1417-1437 在位）为新教皇。1418 年康斯坦茨会议结束，同时也结束了天主教会的大分裂，但从此，教皇的权势一蹶不振。此外，康斯坦茨会议的另一个目标是道德和行政改革，因种种利害冲突，终未取得成功。
1431 至1449 年又召开了19 年的 马拉松式 巴塞尔宗教会议，重申康斯坦茨宗教会议关于普世主教会议的独立性和权威性，公会议权力高于教皇的宣言，并继续讨论康斯坦茨会议上未获成功的教会改革和道德改革问题，做出了一系列规定。然而，由于各种因素，会议并未取得什么实质性成果，巴塞尔会议遭到了失败。不过，巴塞尔会议试图实施的大部分改革在法国成为法律，确保法国摆脱了教皇干涉及其沉重的赋税，为法国的进一步强大创造了条件。而这在分裂和虚弱的德国则未得到实现。